Pondok Pesantren Manaratul Qur’an merupakan lembaga pendidikan Islam yang dirintis sebagai pesantren tahfizh dan diniyah berlandaskan akidah Ahlussunnah wal Jama’ah. Pada tahap perintisan, pesantren ini diselenggarakan dalam bentuk nonformal, dengan pendidikan formal santri jenjang setara SMP dilaksanakan melalui mekanisme menginduk pada SMP atau MTs yang telah berizin. Dengan sistem berasrama dan pembinaan terpadu, Manaratul Qur’an hadir sebagai ikhtiar melahirkan generasi Qur’ani yang berilmu, berakhlak, dan moderat.